紧接着《崩坏学园2》的游戏剧情，2014年，在长空市中，发生了强烈的崩坏。琪亚娜，雷电芽衣，布洛妮娅三个少女在逃离长空市的过程中，遇到了天命组织的女武神，无量塔姬子...

被无量塔姬子带入圣芙蕾雅学园的琪亚娜三人，在学园长德丽莎的要求下，接受成为女武神的培训，在训练过程中，琪亚娜却意外遇见了500年前死去的祖先卡莲，和卡莲纠缠一生的“她”，也出现在了德丽莎的面前...

故事发生在圣痕之谜篇之后，在九幽深受重伤的姬子，生命处于危险之中...为了变强保护重要的人，琪亚娜参加了德丽莎设计的训练，但在这时候，逆熵开始了对圣芙蕾雅学园的入侵！

德丽莎背部的八重樱圣痕出现了异常，令德丽莎陷入了昏迷之中。为了唤醒德丽莎，芽衣进入了圣痕的数据空间中调查圣痕异常的原因。而此时，“她”也出现在了被封闭在圣痕空间中的德丽莎面前…

在第一律者复制人入侵圣芙蕾雅学园的风波平息之后，姬子也从昏迷中苏醒了过来。正当大家在为姬子的归来庆祝之时，符华却收到了一项神秘的任务。并且，这项任务的委托人给了她一个奇怪的指令…

公元1470年，意图扩张势力的天命发动了一场规模巨大的东征。尽管对这场战争的目的心怀疑惑，但天命最强的女武神卡莲·卡斯兰娜还是服从了组织的命令。但在战场上，她的觉悟受到了质疑…

2000年2月1日午夜，在西伯利亚的天命巴比伦实验室中，所有研究员一夜之间全部消失。在奥托下令调查这起“神秘”事件的同时，还有人似乎在担忧着“她”的出现。而这一切，揭开了第二次崩坏的序幕…

在英国伦敦的繁华街道上，幽兰黛尔与丽塔不约而同地踏足于此，远离崩坏的战场与激烈的战斗，在这片历史悠久的土地上，迎接她们的是全新的任务，还是一场久违的假日？

在过去的4500年间，第二神之键一直被用于观测「虚数之树」上的其他「平行世界」。盛者必衰，一度辉煌的文明，终究会凋零。隐藏在第二神之键中的答案，正缓缓浮出水面…

2029年，银河某处。星门已然开启，天上之人一定会循着「信标」而来。而我们则要将视线投向过去，回到第四神之键刚刚修复完成的时候…

故事发生在《崩坏学园2》之前，在寒冷的俄罗斯雪原中，被称为乌拉尔银狼的杀手布洛妮娅和平凡的少女希儿相遇了，等待她们的，却是成为崩坏能实验体的命运...

故事发生在《崩坏学园2》之前，在500年前的日本，名为八重樱的巫女生活在一个平静的小村中，一个漂流来的修女，和她带着的蕴含着可怕力量的水晶，打破了这虚伪的平静...

距离现在的五万多年前，上个世代的人类已经发展出了高度的文明，为了和律者战斗，人们通过研究律者核心的残片，制作出了抵抗崩坏、守护未来的关键武器——神之键。

琪亚娜刚刚入坑以自己为原型的游戏《崩坏3》，符华以资深老玩家的身份想对她展开全面的指导，但是却发现，自己与“欧洲人”琪亚娜之间，存在着血统的差距…

这是回到宿舍的女武神们，发生在她们身上的和食物有关的故事。女武神们做的料理各不相同，但是其中蕴含的心意，对重要的人想要传达的思念，却是相通的。

在街头徘徊的琪亚娜正在为打工而苦恼，阴差阳错之下她来到了吼姆欢乐餐厅，还通过了面试，然而意想不到的事还是发生了，并由此拉开了这个夏天的序幕…

故事发生在一座孤儿院；这里白天阳光明媚，夜晚阴森可怖；每隔一段时日，就有孩子神秘消失……阿琳姐妹无意中发现了美艳女院长“妈妈”的秘密，就此展开一段跌宕起伏的冒险！

故事发生在一座基地，这里白天灯光明媚，夜晚也灯光明媚；每隔一段时日，就有研究员不省人事……逆熵姐妹无意中发现了知名偶像“伏特加女孩”的秘密，就此展开一段跌宕起伏的冒险！

「蛇」，一种扎根于人类诸多神话与古老传说中的生物，其信仰之起源已无从考证。如今，一切历史与预言将要被应验，一场席卷这个世界的风暴即将来临。

时值大唐时期，神州鼎盛于世间。但高度的文明却让这片大地成为崩坏侵蚀的目标，在灾祸的巨浪之中，文明的壁垒摇摇欲坠。而此刻，神州最后的护盾则是名为“赤鸢”的仙人。临近年关，面对热情邀请仙人一起过年的村民，仙人却转身离去…

身体量子化的薛定谔穿梭寻访于不同的世界泡之中，探索着世界的真相。她拜访过很多世界泡，也接触了很多形形色色的事物。薛定谔本以为自己已经习惯了各种奇怪的设定，只是这一次，真的有点奇怪…

魔教办的「圣火大会」震动中原，若是能击败「天下第二」的阎世罗，定是能名扬天下。各界皆派了高手前来应战，太虚山赤鸢仙人和首徒林朝雨亦不例外。但是，她们还有着别的目的——入魔者，杀无赦。

对“过年”这一神州盛典进行了各种考察的德丽莎，制定了最终的计划。南国、海岛、神秘的年兽……奇妙的旅程即将拉开序幕？