紧接着《崩坏学园2》的游戏剧情，2014年，在长空市中，发生了强烈的崩坏。琪亚娜，雷电芽衣，布洛妮娅三个少女在逃离长空市的过程中，遇到了天命组织的女武神，无量塔姬子...