2000年2月1日午夜，在西伯利亚的天命巴比伦实验室中，所有研究员一夜之间全部消失。在奥托下令调查这起“神秘”事件的同时，还有人似乎在担忧着“她”的出现。而这一切，揭开了第二次崩坏的序幕…